Introdução

Fazer ciência é garantir que o seu modelo de simulação possa ser replicado por outros pesquisadores.

O Guia de boas práticas do CoMSES Network recomenda o uso de containers para reduzir problemas com dependencias de dados e versões

Criando um container, é possível facilitar a publicação dos seus resultados, pois outros pesquisadores poderão ter acesso aos seus experimentos.

Uma das formas de garantir a replicabilidade do seu modelo de simulação baseado em agentes com o NetLogo é criar um container para ele, conforme descrito neste artigo

No entanto, esse artigo já possui cinco anos e não aborda como realizar o processo no Linux, então resolvi testar.

Neste post, refaço o passo a passo do tutorial original e relato as alterações que realizei.

0. Pré-requisitos

Você precisa ter o Docker instalado no seu computador.

No meu caso eu uso o Pop!_OS (LTS 22.04), que é derivado do Ubuntu e usei este tutorial.

Também foi necessário realizar os procedimento de pós instalação e reiniciar a máquina.

Com a máquina reiniciada, pude começar a replicar o tutorial

1. Determinar o local do arquivo.

Para fins de teste, utilizei o arquivo que empreguei nas simulações do meu doutorado, disponível aqui:

Criei uma pasta chamada Drone_Docker nos meus documentos, com as subpastas results e src.

Renomeei o arquivo do NetLogo para DronesThesis.nlogo e criei um arquivo Dockerfile.

Neste momento a pasta TestResults não existia, ela será gerada posteriormente.

2. Incluir extensões adicionais.

No meu caso, não foi necessário incluir extensões adicionais, então pulei este passo.

3. Criar um arquivo Docker (Dockerfile)

Tive que realizar algumas alterações em relação ao código proposto no artigo original.

Em vez de usar o OpenJDK na versão 8, utilizei a versão 11.

Com a versão 8, o modelo não iniciava. Acredito que isso se deva à mudança na versão 6.3.0 do NetLogo

FROM openjdk:11-jdk

ARG MODEL_NAME
ARG NETLOGO_VERSION
ARG NETLOGO_NAME=NetLogo-$NETLOGO_VERSION
ARG NETLOGO_URL=https://ccl.northwestern.edu/netlogo/$NETLOGO_VERSION/$NETLOGO_NAME-64.tgz

ENV LC_ALL=C.UTF-8 \
    LANG=C.UTF-8 \
    DISPLAY=:14
    
RUN mkdir /home/netlogo \
 && wget $NETLOGO_URL \
 && tar xzf $NETLOGO_NAME-64.tgz -C /home/netlogo --strip-components=1 \
 && rm $NETLOGO_NAME-64.tgz \
 && cp /home/netlogo/netlogo-headless.sh /home/netlogo/netlogo-headw.sh \
 && sed -i -e 's/org.nlogo.headless.Main/org.nlogo.app.App/g' /home/netlogo/netlogo-headw.sh \
 && apt-get update && apt-get install -y libxrender1 libxtst6
    
COPY . /home/

RUN mv /home/src/$MODEL_NAME /home/src/NLModel.nlogo

CMD ["/home/netlogo/netlogo-headw.sh", "/home/src/NLModel.nlogo"]

4. Criar uma imagem Docker

Agora é o momento de criar a imagem Docker, editei a linha:

docker build --build-arg MODEL_NAME=yourfile --build-arg NETLOGO_VERSION=yourversion -t imagename .

para o meu caso:

docker build --build-arg MODEL_NAME=DroneThesis.nlogo --build-arg NETLOGO_VERSION=6.4.0 -t dronethesis5.

O nome da imagem ficou dronethesis5 (sim, foi a minha quinta tentativa de criar uma imagem funcional).

Se tudo der certo, a imagem será criada. Caso contrário, talvez este FAQ da postagem original possa ajudar::

Observe que uma imagem Docker foi gerada:

4. Rodar o container

Como no tutorial original, é necessário rodar outra imagem chamada docker-x11-bridge

docker run -d --name x11-bridge -e MODE="tcp" -e XPRA_HTML="yes" -e DISPLAY=:14 -e XPRA_PASSWORD=111 -p 10000:10000 jare/x11-bridge

E agora sim, executar a imagem contendo o modelo de simulação:

docker run -d --name netlogo --volumes-from x11-bridge -v path/to/your/results/folder:/home/results imagename

No meu caso:

docker run -d --name netlogo --volumes-from x11-bridge -v /home/leonardogrando/Documentos/Drones_Docker/results/TestResults:/home/results dronethesis5

O nome do container ficou como netlogo, a pasta de resultados ficou /home/leonardogrando/Documentos/Drones_Docker/results/TestResults e a imagem utilizada foi dronethesis5 .

Agora, para acessar o modelo, basta abrir no navegador:

http://localhost:10000/index.html?encoding=rgb32&password=111

5. Realizando os experimentos

Agora você pode acessar o BehaviorSpace para realizar o delineamento do experimento:

Ao clicar em Run:

Você podera alterar o local onde o BehaviorSpace irá salvar as planilhas com os resultados (pasta results):

Assim você poderá acessar os resultados fora do container e realizar a mineração de dados:

6. Parando os containers

Para parar os containers, utilize os comandos:

docker stop netlogo
docker stop x11-bridge

E os resultados continuarão na pasta results

7. Compartilhando sua imagem no Hub Docker.

Primeiro você precisara ter um login no site Docker.com e terá que logar na sua conta com o comando:

docker login

Depois você terá que criar uma imagem com o seu usuário docker, no meu caso: leogrand1, não esqueça de substituir com o seu usuário Docker:

docker build --build-arg MODEL_NAME=DroneThesis.nlogo --build-arg NETLOGO_VERSION=6.4.0 -t leogrand1/codigodrones:1.0 .

Agora você podera avaliar suas imagens com o comando

docker images

E por fim subir a versão desejada (não esqueça de substituir com o seu usuário Docker):

docker image push leogrand1/codigodrones:1.0

Agora você pode acessar esta imagem na sua conta do Docker Hub:

Esta imagem está disponível no link: https://hub.docker.com/r/leogrand1/codigodrones

E pode ser obtida pelo comando:

docker pull leogrand1/codigodrones

Para conhecer mais sobre este procedimento de push de imagens docker, recomendo este tutorial.

8. Conclusão

Este post não substitui o post original, sendo que o objetivo aqui é auxiliar pesquisadores que falam português e utilizam Linux.

Referencias:

COMSES NET. Guides to Good Practice. Disponível em: https://www.comses.net/resources/guides-to-good-practice/. Acesso em: 11 maio 2025.

GRANDO, Leonardo; URSINI, Edson Luiz. Study for optimization of battery consumption for unmanned aerial vehicles. Disponível em: https://redu.unicamp.br/citation?persistentId=doi:10.25824/redu/QGAUPI. Acesso em: 10 maio 2025.

Containerizing a NetLogo model - GUI version. CoMSES Net Discourse Forums. Disponível em: https://forum.comses.net/t/containerizing-a-netlogo-model-gui-version/8236/1. Acesso em: 10 maio 2025.

Install. Docker Documentation. Disponível em: https://docs.docker.com/engine/install/. Acesso em: 10 maio 2025.

jare/x11-bridge. Disponível em: https://hub.docker.com/r/jare/x11-bridge. Acesso em: 10 maio 2025.